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Science with a (lemon) twist
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miércoles, 5 de mayo de 2010

Código de barras de ADN y "fish and chips" mal etiquetados

Para los británicos, los “fish and chips” (pescado y papas) constituyen uno de los alimentos rápidos mas socorridos. No es raro encontrar en una sola calle varios establecimientos donde se ofrece a los consumidores varios tipos de pescados, que después son empanizados o capeados y freídos en bastante aceite. Los pescados blancos, como el bacalao, son de los favoritos. Toneladas de pescado son consumidas cada año en esta forma.



"Fish and chips". Fotografía de Andrew Dunn, tomada de Wikimedia Commons.


Como parte del disfrute de los alimentos se incluye, sin duda, el que los consumidores reciban exactamente el pescado que solicitaron, tanto por razones gastronómicas (algunas variedades de pescado son más sabrosas que otras), económicas (algunas variedades son más baratas que otras), y conservacionistas (algunas variedades pueden estar en veda).


Un correcto etiquetado de los productos pesqueros tiene la finalidad de que la información relevante respecto al lugar de origen, especie y método de producción sea transmitida de manera adecuada a través de la cadena de producción y consumo. Esto permite además tener un mayor control de la aplicación adecuada de regulaciones, promueve la operación sustentable de la industria pesquera y permite el consumo informado y responsable.
 Para corroborar que tan bien estaban siendo implementadas las regulaciones respecto al etiquetado de productos pesqueros en la comunidad europea, Dana Miller y Stefano Mariani del University College de Dublin (Irlanda), utilizaron el código de barras de ADN como método para identificar las especies que estaban siendo vendidas en pescaderías, tiendas de “fish and chips” y supermercados de Dublin. El código de barras fue exitosamente obtenido por métodos estandarizados a partir de muestras que incluso habían sido empanizadas, ahumadas, freídas o alteradas en cierto grado. Los resultados de su estudio fueron publicados en la revista Frontiers in Ecology and the Environment.


El código de barras de ADN es un método desarrollado durante la última década para la identificación de especies a partir del análisis de una región de su ADN, por ejemplo mitocondrial en el caso de los animales. A diferencia de otros métodos basados en marcadores moleculares, el código de barras pretende tener una aplicación a gran escala y –sobre todo- una estandarización. Para lograr esto último en especies animales se propone el uso del gen mitocondrial citocromo C oxidasa I (COI). Este gen fue propuesto como el candidato ideal para este tipo de análisis ya que –entre otras cosas- se “recupera” fácilmente a partir de una muestra de ADN y dado que tiene una tasa de evolución suficientemente rápida permite la discriminación de especies cercanamente relacionadas.


El proyecto iBOL (International Barcode of Life) es un esfuerzo internacional para establecer una base de datos de secuencias de uno o pocos genes de referencia –como el COI- para la identificación de todas las especies del planeta. Las secuencias de esta base de datos estarán asociadas a especímenes (llamados vouchers) identificados por métodos taxonómicos tradicionales que representen a las especies en cuestión. Esta biblioteca de secuencias servirá como referencia para la identificación de especies. Para ello entonces, solo será necesario contar con un pedazo de tejido, hacer el análisis molecular correspondiente y comparar el resultado con la secuencia ya existente en la base de datos del iBOL.


En los últimos años se ha hecho un gran esfuerzo por establecer una biblioteca de códigos de barras para los peces del mundo llamada Fish Barcode of Life (FISH-BOL) y justo esta base de datos fue utilizada como referencia por Miller y Mariani para su estudio.


Lo que los autores hicieron fue tomar muestras de pescados etiquetados como bacalao del Atlántico (Gadus morhua) y eglefino (Melanogrammus aeglefinus) en pescaderías, tiendas de “fish and chips” y supermercados de 10 distritos de Dublin. Después, obtuvieron el código de barras de cada una de las muestras y las compararon con aquellas existentes en la base de datos del iBOL y el GenBank.


Los análisis demostraron que 25% de las muestras etiquetadas como bacalao o eglefino eran en realidad otras especies. El caso de los productos ahumados fue particularmente grave, pues encontraron que el 82.4% de los productos estaban mal etiquetados.


Es interesante notar que las muestras de bacalao del Atlántico frecuentemente coincidían con otras especies del mismo género (Gadus ogac y Gadus macrocephalus), por lo que es posible que dichas especies no hayan sido correctamente diferenciadas a partir del análisis del gen COI o que la identificación de los ejemplares de cada especie fue incorrecta de alguna manera.


Los resultados son preocupantes por varias razones. El mal etiquetado puede “inflar” las ganancias económicas de una pesquería en particular, crea una percepción falsa acerca del estado de la disponibilidad de ciertas especies lo que a su vez puede propiciar la sobreexplotación de un stock probablemente ya abatido. Además, un etiquetado inadecuado puede constituir un riesgo para la salud de los consumidores con alergias a ciertas variedades de pescado.


Los resultados de este estudio sin duda constituyen una llamada de alerta para el reforzamiento de las políticas de etiquetado de productos pesqueros para el comercio de los mismos dentro de la comunidad europea. Y también son un recordatorio para otros países, como México, de la importancia de sistemas de etiquetado adecuados y la implementación de políticas eficaces de rastreo de productos pesqueros como mecanismos necesarios para la conservación de pesquerías saludables y, como se mencionó arriba, para el consumo responsable e informado de productos pesqueros.


El estudio de Miller y Mariani, constituye además un bonito ejemplo de la aplicación de métodos moleculares para la verificación de políticas públicas y resalta la importancia del beneficio social –en este caso inmediato- de los estudios de ciencia básica. Por último, y tal y como los autores concluyen, es importante promover la aplicación de herramientas confiables -como el análisis de código de barras- para la identificación de productos alimenticios. Más aún, es importante que dichas herramientas tengan un costo razonable para que tengan una mayor aplicación.

Artículo de referencia:
ResearchBlogging.org
Miller, D., & Mariani, S. (2010). Smoke, mirrors, and mislabeled cod: poor transparency in the European seafood industry Frontiers in Ecology and the Environment DOI: 10.1890/090212

martes, 23 de febrero de 2010

Los retos de la publicación de datos primarios sobre biodiversidad

La información primaria son los datos crudos (sin procesar) que los investigadores generan como parte de su investigación. El acceso libre a los datos crudos generados por proyectos enfocados al estudio de la biodiversidad es importante puesto que su conocimiento y análisis ayudan en la toma de decisiones y sirve como sustento para las personas o grupos involucrados en la conservación de la biodiversidad. Sin embargo, la información primaria sobre biodiversidad es generalmente poco accesible y en muchos casos ni siquiera está digitalizada.


Los esfuerzos por incrementar el libre acceso a este tipo de información empezaron en 1991 con los Principios de Bromley. Otro tipo de esfuerzos el de la Declaración de Berlín en 2003 donde además se promovía el uso de internet como una herramienta importante para la difusión del conocimiento; la UNAM firmó esta declaración en el 2006. Muchas otras instituciones a nivel internacional han creado programas para promover el libre acceso a la información científica primaria, entre los que se encuentra la Infraestructura Mundial de Información en Biodiversidad GBIF (Global Biodiversity Information Facility) por sus siglas en inglés. Actualmente el GBIF está haciendo esfuerzos importantes al respecto.

A pesar de lo anterior, la mayoría de la información primaria sigue estando almacenada en estantes particulares y en medios electrónicos aislados. Por otro lado, es perfectamente entendible que los generadores de información teman que se haga mal uso de sus datos, no se den los créditos correspondientes por el uso de los mismos, no se establezcan acuerdos claros de cooperación y que todo esto repercuta en la competencia por posiciones académicas y financiamiento.

Vishwas Chavan y Peter Ingwersen autores de un artículo publicado en la revista BMC Bioinformatics sugieren que la falta de un Marco de Publicación de Datos que considere aspectos políticos, legales, socioculturales y económicos impide que los investigadores publiquen sus datos científicos primarios.

Tal vez uno de los temores principales para publicar datos sea que no existe un sistema que reconozca y premie a aquellos que publican datos primarios de biodiversidad. Para superar esto, se recomienda el uso identificadores persistentes (en las páginas electrónicas de los publicadores de datos, las hojas o grupos de datos, en los registros mismos, etc). En particular se propone el uso de un Índice de Uso de Datos o DUI por sus siglas en inglés (Data Usage Index) en cada punto de acceso a la información, así como un mecanismo de citación efectivo.

Ya existen varios tipos de identificadores globales persistentes, sin embargo, lo que más persiste es la falta de acuerdo respecto a cuál es el mejor e incluso sobre cuál debería ser la naturaleza de dichos identificadores. Estos identificadores se tienen que pensar en términos de la búsqueda y recuperación de información y en los beneficios que aporten tanto a los publicadores como a los generadores de información. Solo de esta manera el uso de un DUI estandarizado podrá volverse más estable y creíble e impactaría positivamente en el ciclo de manejo y publicación de información.

De forma paralela, es necesario crear un mecanismo de citación efectivo, puesto que sin él la implementación de un marco de publicación de datos permanecería incompleto. Es importante crear un sistema estandarizado para citar datos primarios; además de enriquecer los metadatos asociados con los grupos de datos ya sea para una parte o toda la información.

Es decir, si el uso de datos primarios pudiera ser rastreado y fuera posible hacer referencia a los datos primarios de los investigadores, así como medir el uso de los mismos de la misma manera en la que se hace referencia y se mide el impacto de sus publicaciones en revistas arbitradas, entonces se eliminaría una de sus preocupaciones principales y con esto se fomentaría la publicación de información y el acceso libre a la misma.
Figura 1. Elementos del Marco de Publicación de datos (A) y componentes centrales técnicos y de infraestructura del mismo (B) (tomado de Chavan VS y Ingwersen P, 2009).

Aunado a lo anterior es necesario fomentar un cambio de actitud en los publicadores de información científica, sociedades científicas, investigadores y agencias de financiamiento y gubernamentales para lograr que el acceso libre a la información primaria se convierta en una realidad en el corto plazo.

Artículo de referencia:
ResearchBlogging.org
Chavan, V., & Ingwersen, P. (2009). Towards a data publishing framework for primary biodiversity data: challenges and potentials for the biodiversity informatics community BMC Bioinformatics, 10 (Suppl 14) DOI: 10.1186/1471-2105-10-S14-S2